程序方面：
管辖上，有管辖权的地方可能有四个：被告所在地、运输始发地、运输目的地。因为根据合同法第三百一十三条：两个以上承运人以同一运输方式联运的，与托运人订立合同的承运人应当对全程运输承担责任。损失发生在某一运输区段的，与托运人订立合同的承运人和该区段的承运人承担连带责任。在单式联运的情况下，可能突破合同的相对性发生连带责任，于是可有两个被告，亦即可能有两个被告所在地。另外，法律并未规定货物必须实际运输了才可适用始发地与目的地管辖。
如上所述，单式联运下产生连带责任。实际上这种情况还是相当普遍的，多数运输公司都是将货物又交由他人运输。很多运输公司就是一种代理公司或负责配货的信息部。所以，这时，可根据管辖或执行的方便而选择被告，只起诉第一承运人的情况也很常见。
这类纠纷有一个现象很有意思：即按合同法，托运人才是合同当事人。收货人不是，类似于为第三人利益的合同。因此收货人收不到货的情况下，仍只能由托运人起诉。但是我们注意到：在收货人与托运人是买卖关系时(这种情况占多数)，如为代办托运(亦很常见)，则一旦货交承运人，交付即完成，风险即转移。之后无论发生什么情况，无损托运人利益。所以，在出现货物丢失等情况时，受损的是收货人，可是却只有托运人能起诉。当然，这在理论上仍有争议，但通说如此。
另外，如前所述，有不少运输公司并不实际组织运输，而是转手由他人运输。所以可能会主张其只是代理人，与托运人之间是委托关系，而委托关系是过错责任。这需要根据托运单来确定，一般情况下这样的运输公司出具的仍然是标准的托运单，因而主张按委托代理处理没有事实依据。我们可以通过比较委托关系与运输关系来区分这一点。还有一点，就算该公司只有货运代理的经营范围亦不影响，因为根据最高人民法院关于合同法的解释，公司超越经营范围签订的合同一般情况下仍然有效。
在货物丢失或受损的情况下，有两种案由可供选择。托运人作为合同当事人按货物运输合同纠纷起诉，或由货物所有人(经常是收货人，如上所分析)按侵权纠纷起诉。但在后一种情况下，只能选择货物在其手中受损的承运人起诉。(当然，如果是被第三人损坏，也可起诉该第三人)作侵权纠纷起诉时，除管辖、原被告均有不同外，值得注意的一点是：归责责任不同。侵权纠纷是过错责任。而违约责任是无过错责任。所以如果不能证明确属被告过错(比如货物被冒领，被偷)，或原告亦有过错时，按货物运输合同纠纷起诉较为有利。
实体方面(这里仅指以运输合同纠纷案由诉讼时)：
根据合同法第三百一十一条规定：承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担损害赔偿责任，但承运人证明货物的毁损、灭失是因不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，不承担损害赔偿责任。因此，在此三种免责事由之外的任何情形，承运人均需赔偿，包括货物被盗、车祸、被冒领、不知原因的丢失等情形。
在实体上我认为比较值得注意的有两点：
一是是否能证明货物价值。一般而言，证据主要有收货人与托运人之间的买卖合同等书证，收货人向托运人给付货款的收据或发票，再与托运单上的内容相对照，如果吻合，则证据基本足够。如果没有货款收据或发票，在起诉前不妨叫当事人开具一张(当然，不是造假)。
二是托运单上的免责条款问题。几乎目前所有的托运单上均有免责条款，写明自己买保险，如出事，赔款不超过运费的三倍云云。但也可以说几乎所有司法实践均否定了这种格式条款。其违法之处有这些：1、根据合同法第五十三条，免除因故意或重大过失造成对方财产损失的免责条款无效。在承运人有重大过错时，显然无效。2、违反关于格式条款的规定。合同法第40条规定，提供格式条款一方免除其责任、加重对方责任、排除对方主要权利的，该条款无效。上述免责条款显然属于免除己方责任、排除对方主要权利。同时合同法第39条规定了公平原则及提供方需以合理方式提请对方注意，这也有可能被违反。
至于要求托运人买保险显然无理。略作几点辩驳：1、托运人在很多情况下，对货物没有可保利益(如上述代办托运的情况下)2、买不买保险是托运人跟保险公司之间的事，不影响托运人与承运人之间的责任，就算买了保险，别忘了保险公司还有追偿权;3，不妨举个例子。假如甲对乙说：我打坏你的东西可以不赔。这显然无理。但假如甲对乙说：你应该给你的财产上保险。这样我打坏你的东西你可以向保险公司索赔，但我不赔。这是不是同样荒谬呢?而前述免责条款何其相似。
由此可见，如果承运人要规避风险，靠上述免责条款是不行的，必须选择其他途径：1、最简单的当然是购买责任保险;2，在托运单上要求托运人详细列明货物及价格，这会对其要求索赔构成约束;3，在2的基础上，保价运输是目前最常用的手段。因保价运输对托运人与承运人是公平的，货物价值越大，承运人的风险越大，因此托运人需支付更多运费，这体现了权利与义务一致的原则，所以在司法实践中一般被认可。当然，保价条款同样是格式条款，应当遵循格式条款的规定，以合理的方式提请托运人注意，应该让托运人在该条款处签字。
最后补充一点，根据证据规则。证明已履行合同义务由债务人一方负责，因此如果承运人无法举出证据证明收货人已收到货，则视为未收到货。所以承运人一方应有基本的收货手续，一般而言，应由收货人提供身份证复印件，并签名。当然，如果有货物回单是最好的，但这比较麻烦。生活实际中，有一些小货运部甚至毫无收货手续，只是打个电话叫收货人来领货即可，这是有极大的风险的。一旦收货人不承认，仅凭电话记录证明力是极其有限的。